Οι υποψήφιοι με ειδικές εκπαιδευτικές ανάγκες (ΑΜΕΕΑ), δηλ. οι υποψήφιοι με έλλειψη φυσικών σωματικών δεξιοτήτων, όπως με προβλήματα όρασης ή ακοής ή λόγου και ομιλίας ή σωματικές αναπηρίες, καθώς επίσης και οι υποψήφιοι με προβλήματα δυσλεξίας, οι οποίοι δικαιολογημένα αδυνατούν να εξεταστούν μαζί με τους λοιπούς υποψηφίους, έχουν τη δυνατότητα να εξεταστούν στα ειδικά εξεταστικά κέντρα, με τα ίδια θέματα, κατά τον ίδιο χρόνο και με το ίδιο πρόγραμμα, με το οποίο διενεργούνται οι εξετάσεις των άλλων υποψηφίων.

Σε κάθε εξεταστική περίοδο ορίζονται δύο ειδικά εξεταστικά κέντρα, ένα στην Αθήνα και ένα στην Θεσσαλονίκη, στα οποία υπάρχουν οι κατάλληλες για ΑΜΕΕΑ υποστηρικτικές δομές .

Οι υποψήφιοι ΑΜΕΕΑ υποβάλλουν στις κατά τόπους Δ/νσεις ή Γραφεία Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης την ίδια αίτηση και τα απαραίτητα δικαιολογητικά που υποβάλλουν και οι υπόλοιποι υποψήφιοι. Επιπλέον όμως, συμπληρώνουν στην αίτηση τους το πεδίο ειδικής εξέτασης, στο οποίο αναφέρεται η πάθησή τους και συνυποβάλλουν σχετική βεβαίωση δημόσιου νοσοκομείου, από την οποία προκύπτει η πάθηση την οποία επικαλούνται. Οι υποψήφιοι με μαθησιακές δυσκολίες καταθέτουν διαγνωστική έκθεση από το ΚΔΑΥ ή από Ιατροπαιδαγωγική Υπηρεσία του Υπουργείου Υγείας που έχει πιστοποιηθεί από το ΥΠΕΠΘ.

Οι υποψήφιοι έχουν τη δυνατότητα να μη συμμετέχουν στην ενότητα στην οποία αδυνατούν να εξεταστούν σημειώνοντας το αντίστοιχο πεδίο απαλλαγής στην αίτησή τους. Ειδικότερα,

Οι υποψήφιοι με προβλήματα στη γραφή ή με προβλήματα δυσλεξίας έχουν τη δυνατότητα να μην συμμετέχουν στην εξέταση της ενότητας 2 «παραγωγή γραπτού λόγου».

Οι υποψήφιοι με προβλήματα ακοής έχουν τη δυνατότητα να μην συμμετέχουν στην εξέταση της ενότητας 3 «κατανόηση προφορικού λόγου».

Οι υποψήφιοι με προβλήματα ομιλίας έχουν τη δυνατότητα να μην συμμετέχουν στην εξέταση της ενότητας 4 «παραγωγή προφορικού λόγου».

Για τους υποψηφίους με προβλήματα τύφλωσης προβλέπεται η δυνατότητα εξέτασής τους με σύστημα Braille καθώς και η παρουσία «βοηθού εξέτασης», εφόσον ζητηθεί. Ο «βοηθός εξέτασης» είναι εξεταστής ο οποίος ορίζεται να παρέχει την απαιτούμενη βοήθεια στους υποψηφίους με προβλήματα όρασης, ακοής, γραφής ή κινητικότητας, όταν αυτό κριθεί απαραίτητο.

Οι υποψήφιοι αξιολογούνται και βαθμολογούνται για τις ενότητες στις οποίες εξετάστηκαν. Για την αξιολόγησή τους χρησιμοποιείται η ίδια βαθμολογική κλίμακα με την οποία αξιολογούνται και οι υπόλοιποι υποψήφιοι. Σε περίπτωση που ένας υποψήφιος έχει νόμιμα απαλλαγεί από την εξέταση μίας ή περισσοτέρων ενοτήτων, ο υπολογισμός της τελικής βαθμολογίας στην ενότητα ή ενότητες αυτές γίνεται με αναγωγή του βαθμού που εξασφάλισε στις υπόλοιπες ενότητες σταεκατό (100 ) ή, στην περίπτωση του κοινού διαβαθμισμένου τεστ, στα διακόσια (200). Οι υποψήφιοι πιστοποιούνται για τις ενότητες, στις οποίες εξετάστηκαν επιτυχώς.